Кафедру транспортних систем та логістики було створено у 2011 році. Першим очолив кафедру д-р техн. наук, професор Альошинський Євген Семенович. На рахунку цього викладача близько 200 публікацій, з них наукових близько 110 та 50 праць науково-методичного характеру, з 2016 року академік Транспортної академії України (ТАУ).

У вересні 2016 року кафедру Транспортних систем та логістики очолив д-р техн. наук, проф., почесний працівник транспорту України, академік Транспортної академії України Ломотько Денис Вікторович.

На кафедрі здійснюється підготовка студентів ОКР – «бакалавр» та «магістр» за спеціальністю 275 - Транспортні технології (навчальні програми – Організація перевезень і управління на транспорті,  Транспортний сервіс та логістика.

Основними завданнями кафедри з підготовки логістів є забезпечення наступних навичок та компетенцій:

• забезпечення вантажоперевезень товарів
• мінімізація витрат на вантажоперевезення
• планування оптимальних маршрутів
• пошук і вибір експедиторів
• планування постачань
• укладання договорів і контрактів на транспортування вантажів, купівлю та продаж товарів
• організація проходжень митних процедур
• забезпечення оптимальної схеми доставки при інтермодальних перевезеннях
• консолідація вантажів у процесі доставки
• організація роботи складського господарства
• узгодження інформаційної взаємодії з вантажовідправником і вантажоодержувачем.

Кафедра спільно з Навчально науковим інститутом пере підготовки та підвищення кваліфікації (НН ІППК) з 2014 р. є однією з основних що розпочали підготовку магістрів за програмою «Магістр інфраструктури та експлуатації високошвидкісного залізничного руху» проекту ЄС TEMPUS.

На кафедрі працюють наукові школи докторів технічних наук професорів Є.С. Альшинського та Д.В. Ломотька. Основними напрямами діяльності наукових шкіл є організація міжнародних перевезень та митні процедури на транспорті; раціоналізація функціонування транспортної системи та логістичної діяльності; організація мультимодальних перевезень та взаємодія видів транспорту; раціоналізація роботи комплексу пасажирських перевезень на залізничному транспорті; створення загальнонаукових засад формування транспортних систем.

У 2015 році вперше на кафедрі за спеціальністю 05.22.01 отримала ступінь кандидата технічних наук Примаченко Ганна Олександрівна захистивши дисертацію на тему «Удосконалення технології пасажирських перевезень у безпересадковому сполученні». Викладач має 66 публікацій, 53 з яких мають науковий характер, 2 патенти, 2 авторських свідоцтва та 9 праць навчально-методичного характеру, що включені до наукометричних баз рекомендованих МОН України.

У 2016 році під керівництвом проф. Д.В.Ломотько отримала за спеціальністю 05.22.01 ступінь кандидата технічних наук асистент Ковальова Оксана Володимирівна, автор понад 25 наукових та навчально-методичних праць. Тема дисертації «Удосконалення транспортного процесу залізниць шляхом забезпечення вантажовласників рухомим складом необхідної комерційної придатності».

Колективом кафедри видано близько 400 наукових статей, створено більше ніж 40 конспектів лекцій та методичних розробок, отримано 7 патентів. В 2014, 2015, 2016 та 2019 рр. студенти кафедри Транспортних систем та логістики неодноразово займали призові місця на всеукраїнських та міських олімпіадах та конкурсах студентських робіт.